コードの変更がオブジェクトコードに反映しない？

Eclipse 3.1 + WTP 1.0 + Tomcat 4.1.27
突然、コードの変更が実行内容に反映されなくなった？ なにげに動作も不安定だ。
クリーン＆ビルドしても効果はいまひとつのようだ。classファイルのタイムスタンプは更新されているようなのだが・・・。
何かの拍子に反映するのだが、よくわからん。１年以上安定して動いていた環境なのに。経験的には使っているJARの整合性があってないと起きがちの現象だが。
簡単チンにできるはずのプログラムが、予定外に苦戦。